胰凝乳蛋白酶 (Chymotrypsin) 是一种高纯度丝氨酸胞内蛋白酶，来源于牛胰腺，可以优先水解芳香族氨基酸 ( 酪氨酸、苯丙氨酸和色氨酸 ) 的羧基端。据观察，亮氨酸和甲硫氨酸也可被该酶剪切，但效率较低。胰凝乳蛋白酶在 pH 范围 7.0-9.0 时活性最佳。该测序级的酶可单独使用，也可以与其它蛋白酶一起使用，经过消化的蛋白可用于肽图谱，也可用于通过肽质谱指纹印迹或 MS/MS 光谱匹配进行蛋白鉴定。消化反应既可以在溶液中进行，也可以在凝胶中进行。